1. 低氧相关候选基因的克隆、结构和功能分析。对HIF1α基因及其抑制基因HIF1αn的全CDS序列进行了克隆测序，并分析了其基因和蛋白序列的保守结构特征。 2. 转录组差异表达的基因和外显子鉴定以及功能分析。对罗非鱼低氧处理12h的心脏组织和鳃组织进行了转录组测序。在心脏组织中鉴定了284个差异表达基因和103个具有差异表达外显子的选择性剪接基因；在鳃组织中鉴定了239个差异表达基因和34个具有差异表达外显子的选择性剪接基因。荧光定量PCR实验成功验证了几乎所有选取的基因及外显子的差异表达。 3. 罗非鱼低氧耐受性状基因组QTL分析。利用QTLseq和ddRADseq两种高通量测序方法对罗非鱼低氧性状的遗传调控网络进行了分析。两种方法均在LG3和LG14连锁群上各鉴定了一个与低氧性状显著关联的QTL。荧光定量PCR实验显示这两个基因的表达量与罗非鱼低氧耐受性相关。结果表明这两个基因很有可能与罗非鱼低氧耐受性状相关。通过采用多种方法对罗非鱼低氧遗传网络进行综合分析，我们鉴定了罗非鱼基因组低氧性状相关的重要QTL区间及候选功能基因，获得了性状紧密连锁的分子标记。该研究为进一步通过应用分子标记（或基因）辅助育种技术开展罗非鱼耐低氧新品种选育奠定了基础。