目前，细菌基因组注释大多采用自动化流程，且通常以“单个基因”为单位进行分析，较少考虑基因表达的调控机制，尤其是转录调控，这常导致基因功能注释不完整甚至出现错误。为了解决这一问题，本研究开发了一款名为 SigmoID 的跨平台（支持 OS X、Linux 和 Windows 系统）开源应用程序。SigmoID 旨在简化细菌基因组中转录调控元件（包括启动子、转录因子结合位点和终止子）的识别过程，并辅助研究人员基于调控信息对基因组注释进行校正。该程序将用户友好的图形界面与常用的命令行工具相结合，并整合了基因组浏览器，方便用户在基因组背景下直观地观察调控元件。此外，SigmoID 还集成了对包含调控信息的在线数据库（RegPrecise 和 RegulonDB）以及网络搜索引擎的访问功能，从而显著加快了基因组分析速度，并简化了基因组注释的校正流程。研究人员通过使用 SigmoID 为两类细菌——软腐肠杆菌科（包括果胶杆菌属和 Dickeya 属）以及假单胞菌属构建了一系列调控蛋白结合位点图谱，展示了该软件的部分功能。此外，还利用 SigmoID 推断出 Pectobacterium atrosepticum 的注释基因组中存在超过 900 个转录因子结合位点和替代 sigma 因子启动子，这些调控信号控制着 P. atrosepticum 染色体上约 40% 的推测转录单元。通过对注释信息与调控信息不一致之处进行仔细审查，成功地修正了超过 300 个基因座的产物和基因名称。